1.综合处（保密处）
负责机关日常运转和表里联系、综合协调工作，承担文电、会务、机要、档案、信息、信访、联络接待、建议议案提案办理、督查、信息公开、财政、安全保卫等工作。负责机关及所属单位保密工作。
2.研究室（行政治理体制改革处）
负责机构编制工作重大问题的查询拜访研究，并提出意见建议。负责草拟综合性文稿。负责研究拟订行政体制改革方面的规划、方案等并组织实施。负责有关权责清单制度方面的工作。
3.一处
负责市委工作机关以及由市委工作机关治理的机关，市人大常委会、市政协机关，市群众团体、民主党派市委机关以及市政法各部门的机构编制治理，配合研究拟订司法体制改革、群团改革等方面的规划、方案等，承担相关机构编制事项的审核审批工作。负责市级议事协调机构治理工作。
4.二处
负责市政府办公厅和市政府组成部门、直属特设机构、直属机构、部门治理机构、直属行政执法机构、有关派出机构的机构编制治理，研究拟订行政执法体制改革方面的规划、方案等并组织实施，承担相关机构编制事项的审核审批工作。
5.三处
负责指导各区机构编制治理工作，研究拟订区、乡镇机构改革的意见、规划并组织实施，负责市委市政府有关派出机构的机构编制治理，承担相关机构编制事项的审核审批工作。
6.四处
负责研究拟订事业单位改革方面的规划、方案等并组织实施，指导各区事业单位改革工作。负责市委、市政府直属事业单位，市属国有企业所属事业单位的机构编制治理，承担相关机构编制事项的审核审批工作。
7.事业单位登记治理处（对外可以北京市事业单位登记治理局名义开展工作）
负责市属事业单位的设立、变换、注销登记和年度陈述公示等治理工作，依法负责事业单位登记治理监督查抄工作。指导各区事业单位法人登记治理工作。承担机关、事业单位统一社会信用代码赋码工作。
8.监督查抄处（法规处）
负责对市委编委有关会议、决定事项落实情况进行督促查抄，对本市各级机关、事业单位执行机构编制治理政策法规、制度尺度的情况进行监督查抄并提出处理意见。负责机构编制治理评估工作。负责机构编制实名制治理工作。负责草拟机构编制治理方面的党内法规草案和地方性法规草案、政府规章草案，拟订机构编制治理相关制度、尺度并组织实施。负责机关规范性文件备案审查和清理工作。承担政府绩效治理相关专项考评工作。
9.机关党委（人事处）
负责机关及所属单位的党群、纪检工作，以及干部人事、机构编制、外事、离退休人员办事治理等工作。